16 марта губернатор Андрей Травников подписал распоряжение о мерах по противодействию распространению вируса, и в тот же день была запущена горячая линия по COVID-19 и информационный канал «Коронавирус. Оперштаб Новосибирской области».
Первые случаи заражения были связаны с авиаперелётами: 7 марта у двух пассажиров рейса Москва – Новосибирск выявили инфекцию, что привело к самоизоляции 56 человек. В дальнейшем случаи COVID-19 фиксировались у прибывших из Италии и Парижа. С 16 марта вузы перешли на дистанционное обучение, а школы продлили каникулы.
Ситуация ухудшилась, и 15 апреля был зафиксирован первый летальный исход. К этому времени в регионе зарегистрировали 53 случая заражения. В ответ на нарушения режима самоизоляции с 1 апреля были введены штрафы. К 1 мая количество случаев COVID-19 достигло 526, при этом 4 пациента скончались.
С 12 мая начали постепенно ослаблять ограничения: разрешили занятия спортом на улице и возобновили работу продовольственных рынков за пределами Новосибирска. Однако масочный режим оставался обязательным.
Осенью 2020 года в регионе была зафиксирована вторая волна коронавируса. В декабре количество случаев достигло 25 304, выздоровели 20 994 человека, зарегистрировано 846 летальных исходов.
С начала массовой вакцинации 18 января 2021 года ситуация начала улучшаться. На март 2021 года в регионе зарегистрировали 36 902 случая COVID-19, выздоровели 33 790 человек, а число летальных исходов составило 1 516.
По данным оперштаба, в Новосибирской области зарегистрировано 342 996 случаев COVID-19, из которых 337 105 человек выздоровели, а число летальных исходов достигло 5 791.