Лилии Некрасовой предъявлены обвинения по ч. 3 ст. 159 УК РФ (мошенничество, два эпизода) и ч. 2 ст. 286 УК РФ (превышение должностных полномочий). Её муж обвиняется по ч. 3 ст. 159 УК РФ (два эпизода). Государственный обвинитель просил признать Некрасову виновной и приговорить её к пяти годам лишения свободы в колонии общего режима с лишением права занимать определённые должности в органах местного самоуправления на срок около трёх лет и штрафом в 60 тыс. рублей. Для Дмитрия Некрасова прокурор запросил четыре года колонии общего режима и аналогичный штраф.
Сторона защиты настаивала на оправдании обоих подсудимых, которые не признали свою вину. Последнее слово они произнесут 19 мая.
По данным следствия, в 2020–2022 годах Некрасовы похитили средства ОАО «Сузунское ЖКХ» и местного культурно-досугового учреждения. В частности, будучи главой района, Некрасова распорядилась принять и оплатить работы по строительству канализационных очистных сооружений в посёлке Сузун в рамках подпрограммы «Чистая вода». Однако 20 февраля 2022 года объект частично обрушился, что привело к ущербу для бюджета Новосибирской области в размере 7,48 млн рублей и бюджета Сузунского района — 393,8 тыс. рублей.
Кроме того, следствие установило, что по указанию Некрасовой её супруг был фиктивно трудоустроен в двух муниципальных организациях, незаконно получив около 800 тыс. рублей в виде зарплаты.