Маринкин был избран ректором в 2008 году, одержав победу над Натальей Толоконской, супругой тогдашнего губернатора региона. В дальнейшем он дважды переизбирался на эту должность.
С 1 апреля Игорь Маринкин планирует занять пост заведующего кафедрой акушерства и гинекологии лечебного факультета НГМУ. Информация о новом ректоре университета пока не раскрыта, его кандидатуру должен представить Минздрав РФ.