Впервые Путин, являясь президентом России, приехал в Новосибирск 17 ноября 2000 года для участия в мероприятиях, посвященных 50-летию НГТУ. Также он встретился с учеными в Институте ядерной физики.
Второй раз Владимир Путин посетил Новосибирск в январе 2005 года. Тогда президент встречался с представителем СО РАН Николаем Добрецовым. В декабре этого же года Путин приезжал в Новосибирск третий раз для того, чтобы принять участие в открытии НОВАТа после реконструкции.
Четвертый визит президента России в Новосибирск состоялся в октябре 2007 года. Тогда в столицу Сибири прилетел и президент Казахстана Нурсултан Назарбаев, главы государств провели встречу в рамках четвертого Форума приграничных регионов России и Казахстана.
В марте 2013 года Владимир Путин приезжал в Новосибирск пятый раз. Президент посетил авиационный завод им. Чкалова, а также возложил цветы к памятнику Александра Покрышкина в честь 100-летия трижды Героя СССР.
Шестой раз Путин приезжал в Новосибирск 8 октября 2014 года для участия в открытии Бугринского моста через Обь.
В 2018 году Владимир Путин посетил Новосибирск дважды. В День российской науки, 8 февраля, президент встретился с учеными в Академгородке, а 28 августа Путин принял участие в заседании международного форума «Технопром-2018» и побывал в школе №2 в Оби.
Ранее «МК в Новосибирске» писал, что названы необычные подарки новосибирцев президенту.
