Боец с позывным Борцуля в разговоре с журналистами «Сиб.фм» рассказал, что они часто вспоминали слова Пригожина «Работаем!», которые стали для них девизом, побуждающим продолжать труд на благо страны.
Евгений Пригожин погиб 23 августа 2023 года в авиакатастрофе в Тверской области, когда частный самолёт, следовавший из Москвы в Санкт-Петербург, разбился. Вместе с ним погибли ещё девять человек, включая командира ЧВК Дмитрия Уткина. За три месяца до трагедии Пригожин посетил Новосибирск, где провёл одну из последних публичных встреч с журналистами.
После катастрофы многие отказывались верить в гибель лидера ЧВК. Житель Новосибирска Анатолий Овчинников создал петицию, настаивая на открытом расследовании. Он указывал, что в СМИ появляются версии о том, что Пригожин мог выжить или не находиться на борту, и подчёркивал необходимость объективного расследования для прекращения информационных спекуляций. Следственный комитет РФ сообщил, что молекулярно-генетические экспертизы подтвердили личности всех погибших, соответствующие полётному листу.
Командир «Ориона» Андрей Панфёров из Новосибирска отметил, что у Пригожина были разногласия с военным руководством, но также многие другие могли желать его устранения. Он предположил, что катастрофа могла быть результатом диверсии.
Похороны Евгения Пригожина прошли 29 августа 2023 года в Санкт-Петербурге на Пороховском кладбище в закрытом формате. В ноябре 2024 года на Гусинобродском кладбище в Новосибирске открыли мемориал павшим бойцам ЧВК «Вагнер», а также памятник Пригожину и Уткину. На мемориале выгравирована надпись «Первому. Девятому» и указаны их личные номера: М-3308 и М-0209.