Годовой бюджет центра около 27 миллионов рублей, но КСП сочла, что две трети суммы тратится неэффективно. Отчетность по пойманным и умерщвленным животным сходилась не всегда, что позволило заподозрить, что в центре есть приписки. Косвенно это подтверждается жалобами горожан, вызывавших сотрудников НЦПДЖ для отлова агрессивных собачьих стай: приезжавшие на вызов специалисты просто не владели техникой лова хитрых и опасливых животных. Зачастую их добычей становились самые безобидные из дворняг, а вожаки стай продолжали терроризировать жителей.
Но больше всего протестов звучало, разумеется, со стороны зоозащитников. Несмотря на крайнюю закрытость организации (попасть в зону содержания животных было непросто не только общественникам и журналистам, но даже депутатам), любителям животных удалось собрать сведения об антигуманном отношении к лохматым постояльцам приюта: девять их десяти пойманных собак признавали «больными и агрессивными» и усыпляли в течение недели после отлова.
Противостояние Каркавина и зоозащитников приобрело такой размах, что мэр Новосибирска Анатолий Локоть особо отметил, что кандидатура нового руководителя центра будет в обязательном порядке согласована с общественниками.
Последним днем 11-летнего руководства Андрея Каркавина станет 22 октября. Он уходит с должности директора Новосибирского центра по проблемам домашних животных, написав заявление об увольнении по собственному желанию.